A menor delas, cobrindo uma área de 675 km2, é a UGRHI-Mantiqueira cuja bacia hidrográfica composta principalmente pelos rios Sapucaí-Guaçu, Sapucaí-Mirim, Capivari e da Prata e pelos ribeirões da Cachoeira, do Lageado, do Paiol Velho e do Paiol Grande abastecem as cidades de Campos do Jordão, Santo Antonio do Pinhal e São Bento do Sapucaí.
Os rios Sapucaí-Guaçu e Sapucaí -Mirim correm para o estado de Minas Gerais na direção da bacia do Rio Grande. "A unidade do rio Sapucaí-Guaçu, com 293,5 km², possui aproximadamente 90% de sua área no município de Campos do Jordão e cerca de 10% em São Bento do Sapucaí. A unidade do Rio Sapucaí-Mirim apresenta área total de 392,5 km², correspondendo à totalidade do município de Santo Antônio do Pinhal, 90% do território de São Bento do Sapucaí e apenas 10% da área de Campos do Jordão. Na UGRHI-1 os principais usos da água são para o abastecimento público e privado, criação de peixes e irrigação". (http://www.grande.cbh.gov.br/UGRHI1)
O Comitê da Bacia Hidrográfica Serra da Mantiqueira (CBH-SM) é o órgão colegiado que tem por responsabilidade definir a aplicação dos recursos oriundos do Fundo Estadual de Recursos Hídricos.
Nesta unidade, ainda há sérios problemas referentes ao esgotamento sanitário e seu tratamento.
A principal unidade, estendendo-se por três estados da federação (São Paulo, Minas Gerais e Rio de Janeiro), abrangendo uma área de 14.444 km2 e responsável pelo abastecimento, apenas do lado paulista, de 32 municípios, é a UGRHI-Paraíba do Sul.
Formado pela confluência dos rios Paraitinga e Paraibuna, o Paraíba do Sul reorienta seu curso de sudoeste para noroeste e depois leste até a sua foz, em Atafona, na cidade de São João da Barra-RJ, desaguando no Oceano Atlântico.
No trecho paulista, entre os seus principais afluentes estão os rios Parateí, Jaguari, Buquira e Una.
A unidade, classificada como de uso "industrial", abastece os reservatórios Paraibuna/Paraitinga, Santa Branca e Jaguari.
Em relatório sobre situação das unidades de recursos hídricos em São Paulo, o Departamento de Águas e Energia Elétrica (As UGRHIS no contexto das regiões/bacias hidrográficas do Estado de São Paulo. DAEE) apresenta para o Paraíba do Sul: baixo índice de tratamento de esgoto doméstico em cidades importantes ao longo do Paraíba do Sul; alta suscetibilidade a inundações em afluentes do Paraíba do Sul; e risco de rebaixamento do lençol freático na área urbana de São José dos Campos.
Um aspecto importante a ser observado para esta bacia é o de que, embora o índice de cobertura vegetal corresponda a 23,1% de remanescente natural, sua maior parte encontra-se em regiões de declividade acentuada tornando as demais áreas altamente suscetíveis aos processos erosivos. Aumentar a área de cobertura vegetal é uma necessidade apontada no Plano da Bacia Hidrográfica do Paraíba do Sul.
Outra constatação refere-se à qualidade da água captada. Considerada boa no trecho entre Santa Branca e São José dos Campos, a qualidade cai para regular, à exceção de Tremembé, de Caçapava a Aparecida, voltando a recuperar sua qualidade de Lorena até Queluz.
Finalmente, a UGRHI-Litoral Norte, composta de quatro municípios, distribui-se pelas porções continental e insular estendendo-se por uma área de 1.948 km2.
As bacias costeiras de Caraguatatuba, São Sebastião e Ubatuba compõem a parte continental (cerca de 80%) da unidade, enquanto Ilha Bela e mais 60 ilhas, ilhotas e lajes formam a sua parte insular.
Na região do continente, sobressaem-se a Bacia do Rio Camburu, que apresenta uma área de drenagem de 420km2, e os rios Pardo, Palmital, São Francisco, Una, Juqueriquerê, Grande e Itamambuca.
Estes mananciais de regime torrencial diferem das demais bacias do planalto paulista por não terem um tributário maior que lhes defina a hidrografia e pelo fato dos corpos d'água serem, comparativamente aos outros rios, pouco volumosos e extensos.
Quanto ao esgotamento sanitário, relatórios de órgãos oficiais diagnosticam a região como ainda apresentando problemas, visto que significativo percentual não é coletado e/ou tratado.