Filho do Capitão Benedito Gomes de Araújo e de Maria Rafaela César, nasceu em 5 de agosto de 1846. Sua iniciação musical deu-se em sua terra natal, aos dez anos, quando começou a aprender violino orientado por um tio. Aos quinze anos transferiu residência para o Rio de Janeiro para matricular-se no Imperial Conservatório de Música, onde seria discípulo de mestres como Francisco Manuel da Silva (autor do Hino Nacional Brasileiro), Demétrio Rivera, violinista, e Gioacchino Giannini, compositor e regente italiano. O jovem músico João Gomes ali inicia os seus estudos em 1861, ano em que Antonio Carlos Gomes, outro aluno do Conservatório, estréia uma cantata dedicada a D. Pedro II: A Noite do Castelo.

Em 1863, retornou a Pindamonhangaba para ali instalar, auxiliado pelo clarinetista José Maria de Abreu, um Conservatório Musical, e também organizar uma orquestra e uma banda. Três anos depois (1866), casou-se com Mariana Marcondes Teixeira com quem teve cinco filhos: o maestro João Gomes Júnior, Cândida, Alaíde, Lucília e o professor Armando Gomes de Araújo.

Durante o período em que permaneceu no Vale do Paraíba, dedicou-se à composição de músicas sacras. Uma de suas missas, a pedido do Conde Moreira Lima, foi composta especialmente para a sagração da igreja de São Benedito, em Lorena-SP, e executada, sob a regência do autor, no dia 16 de fevereiro de 1884.

A repercussão positiva nos jornais do Rio e de São Paulo foi tamanha que o maestro, pouco depois, estava diante do imperador para dele receber palavras de incentivo e o apoio financeiro para seguir seus estudos na Europa. No mesmo ano, João Gomes de Araújo segue com a esposa e quatro filhos para o Velho Mundo.

Uma vez na Itália, estudou composição com Cesare Dominiceti e escreveu suas primeiras óperas: Edméia e Carmosina. A estréia da ópera Carmosina, no Teatro Dal Verme de Milão, aconteceu em 1º de maio de 1888. O imperador Dom Pedro II e a família imperial rumaram da França para a Itália especialmente para prestigiar a apresentação do maestro brasileiro. Entre o seleto público, representantes da Coroa italiana e o compositor de Il Guarany. Carmosina seria representada no Brasil em 1891.

Retornando a Milão, em 1893, comporia Maria Petrovna (1904), sua terceira ópera.

De volta ao Brasil, e com Pedro Augusto Gomes Cardim, fundou, em 1906, o Conservatório Dramático e Musical de São Paulo. Ali foi professor durante anos.

Como incentivo a artistas paulistas que tencionavam organizar uma companhia lírica nacional, compôs sua última ópera, Helena, em 1916.

Em biografia publicada por ocasião do centenário de nascimento de João Gomes de Araújo, a autora Estefânia de Castro, primogênita do segundo casamento do maestro com Maria das Dores de Castro, neta da Marquesa de Santos, registra composições de modinhas e canções, dentre as quais uma versão para As Pombas de Raimundo Correia e uma Serenata com letra de Menotti Del Picchia.

João Gomes de Araújo faleceu no dia 08 de setembro de 1943, aos 97 anos.

É patrono da cadeira nº 20 da Academia Brasileira de Música.

Obras

Óperas: Edméia (1884); Carmosina (1888); Maria Petrovna (1904); Helena (1916)

Música Orquestral: Primeira Sinfonia (1899); Segunda Sinfonia (1900); Terceira Sinfonia (1906); Quarta Sinfonia (1908); Quinta Sinfonia (1908); Sexta Sinfonia – Sinfonia Militar (1923); A Vitória de São Paulo (1932); Marcha à Marinha brasileira (1935); Hino marcha (1938); Marcha triunfal Carlos Gomes (1880).

Música Sacra: Missa do Espírito Santo (1867); Missa Nossa Senhora da Conceição (1872); Missa Nossa Senhora Aparecida (1880); Missa Nossa Senhora do Bom Sucesso (1882); Missa São Benedito (1884); Missa Coração de Jesus (1907); Missa Nossa Senhora de Lurdes (1922); Missa Nossa Senhora Auxiliadora (1930); Missa Nossa Senhora do Carmo (1931); Missa São Paulo (1932); Missa Nossa Senhora da Piedade (sem data)